Im südwestlichen Teil des Landkreises Cloppenburg, angrenzend an den Landkreis Emsland, liegt die Gemeinde Lindern.
Nach der naturräumlichen Gliederung gehört die Gemeinde zur Sögeler Geest (Hümmling) und liegt in der Untereinheit Sögel-Linderner Geest. Dieses sandige, lehmige Grundmoränenland wird durch flachgewellte Geestrücken und parallel zu ihnen verlaufenden Niederungen (Nord-, Mittel- und Südradde) gegliedert.